En 2012, deux cas de fièvre de Malte, dénomination de la brucellose chez l’humain, sont diagnostiqués et reliés à la consommation de fromages frais au lait cru en provenance d’un élevage bovin du Grand-Bornand. Un foyer actif de brucellose (dû à la bactérie Brucella melitensis) est identifié parmi les bouquetins de la montagne du Bargy, au cœur du massif des Bornes.

Une campagne de captures et de marquages est lancée dès le printemps suivant pour connaître l’état sanitaire de la population. Une forte proportion des animaux s’avère touchée. Les autorités décident alors un abattage des individus de plus de 5 ans, conduit entre l’automne 2013 et le printemps 2014 : 251 individus sont abattus sur une population estimée à 567 individus. Mais les captures conduites au printemps 2014 suggèrent que la situation ne s’est pas améliorée. Des études sont menées pour tenter de comprendre la transmission et la propagation de la brucellose parmi les populations d’ongulés sauvages.

Depuis une dizaine d’années, on observe une indécision dans la réponse à apporter entre l’abattage systématique pour reconstituer un noyau sain d’individus, l’euthanasie d’individus testés positifs complétée par un dispositif de tir sur des individus non testés, ou encore l’abattage uniquement après dépistage. Malgré un recul important de l’épidémie depuis 2012, le sort de ces bouquetins, espèce protégée, fait toujours l’objet de désaccords entre les éleveurs qui craignent une contamination de leurs troupeaux, les autorités, la population et les associations de protection animale.